Un CATI (Centre Automatisé de Traitement de l'Information) est un collectif de production informatique. Vous trouverez sur cette page les productions du CATI SysMics.
RFLOMICS, un package R et une interface Shiny pour l'analyse intégrative de données omiques
RFLOMICS fournit un framework pour l'analyse des données transcriptomiques, protéomiques et/ou métabolomiques. L'interface conviviale offre une expérience guidée à l'utilisateur, depuis la définition du plan d'expérience jusqu'à l'intégration de plusieurs tableaux omiques. Un rapport peut être généré avec tous les paramètres et les résultats d'analyse. Le package RFLOMICS est disponible sur Bioconductor. Pour plus de détails, rendez-vous sur Hal.
Neo4jsbml, une bibliothèque Python d'import de données SBML dans une base de données de graphes Neo4j
Neo4jsbml est une bibliothèque Python permettant d'importer des données SBML dans une base de données Neo4j à l'aide d'un schéma défini par l'utilisateur. En exploitant Neo4j, l'exploration de réseaux biologiques complexes devient intuitive et la recherche d'informations efficace. Neo4jsbml est un logiciel open source disponible sur GitHub.
Genoscapist, un outil de visualisation de profils quantitatifs le long d'un génome de référence
Cet outil web permet une visualisation interactive de centaines de profils quantitatifs le long d'un génome de référence avec diverses annotations. Une version dédiée à l'organisme Bacillus subtilis est accessible via cette URL : https://genoscapist.migale.inrae.fr/seb/.
Veille sur les outils de visualisation de graphes
Un document répertoriant les outils de visualisation de graphes a été initié. Si vous souhaitez participer à son enrichissement, merci de prendre contact avec les membres du workpackage "Interfaces de visualisation de données hétérogènes".
Fiches descriptives de données "omiques"
Ces fiches ont pour objectif de décrire certaines données "omiques". Cette description pouvant être très vaste nous nous sommes concentrés à décrire essentiellement la partie données générées lors des expériences sur ces "omiques".
L'objectif des fiches est de décrire les données "omiques", une fiche par "omique". Le but étant de faire de l'intégration de ces données avec d’autres "omiques", donc mettre le minimum utile pour faire cette intégration.
Chaque fiche est décrite par au moins trois parties associées à des exemples :
- Description générale décrivant la donnée "omiques" et le type d'expériences faites
- Tableau décrivant le type de données : technique utilisée, type de données (qualitatif/quantitatif, entier, float...), données brutes ou normalisées, description
- Références : BD internationale de référence (par ex lors de soumissions d'article), article ou diapos décrivant l'analyse de ces données
- Exemples de données, expérience ou workflow d'analyses peuvent être associés
Fiches disponibles (janvier 2021) : Fiche Transcriptomique - Fiche Imagerie - Fiche Variations génomiques - Fiche Métabolomique
Fiches descriptives d'outils d'intégration de données
Ces fiches ont pour objectif de décrire des outils d'intégration de données "omiques" via un même jeu de données. Chacune d'elle résume les méthodes, leur intérêt et un exemple d'utilisation.
Fiches disponibles (décembre 2021) : DIABLO - iClusterPlus - JIVE - MCIA - MFA - MOFA