Animatrice : Sandra Dérozier
L'objectif de ce workpackage est de développer un ou plusieurs outils permettant de visualiser l'ensemble des données -omiques hétérogènes disponibles mais également les processus biologiques décrits dans l'environnement structuré proposé dans le workpackage 1.
Des outils de visualisation de données le long du génome sont déjà disponibles et ont été développés par des membres du CATI : l'interface graphique FLAGdb++ pour les plantes et l'interface web Genoscapist pour les bactéries. Ces deux outils permettent de visualiser des données génomiques (gènes, transcrits, éléments répétés...) le long du génome. L'interface web Genoscapist permet également d'afficher des profils d'expression de données transcriptomiques le long du génome dans différentes conditions de croissance. En l'état actuel, ces deux outils ne permettent donc de visualiser qu'une partie des données qui seront mises à disposition dans l'environnement structuré du workpackage 1.
Le workpackage 3 a donc pour mission :
- d'enrichir et d'adapter les outils existants afin de visualiser les données -omiques non visualisables actuellement le long du génome,
- de proposer un outil permettant de visualiser les processus biologiques (réseaux métaboliques et/ou de régulation) à partir de données extraites du système informatique structuré par le workpackage 1,
- d'assurer un lien entre les différents outils afin de naviguer entre les divers types de données (-omiques et réseaux) ainsi que l'entrepôt de données.