Le CATI SysMics a pour objectif de développer un environnement informatique intégrant la notion de processus (dynamiques) afin de représenter un organisme vivant et de déployer des méthodes statistiques exploitant à la fois des données -omiques hétérogènes (transcriptome, protéome, fluxome, métabolome, phénome, imageries, ...) et les processus.
Les données expérimentales manipulées proviennent dans un premier temps d'organismes modèles (Bacillus subtilis, Arabidopsis thaliana) mais l'objectif final est bien l'application des approches à des organismes d'intérêt pour l'INRAE, par exemple le maïs ou Ralstonia solanacearum. Plus généralement, il s'agit bien ici de s'interroger sur la manière de transférer (dans une certaine mesure) les acquis obtenus des organismes modèles aux organismes non modèles et d'intérêt pour l'INRAE.
Les mission du CATI SysMics sont :
- de consolider et/ou d'établir une preuve de concept de l'environnement informatique pour le(s) organisme(s) modèle(s),
- d'élaborer et de déployer une première stratégie de transfert pour un ou des organisme(s) d'intérêt agronomique,
- de constituer une communauté interdisciplinaire autour de l'intégration systémique des données et des connaissances biologiques.
Le cadre formel de représentation des organismes est générique, et a vocation à être déployé à terme sur d'autres organismes vivants comme la levure ou les animaux, pour lesquels l'INRAE dispose de communautés scientifiques importantes. A ce titre, nous interagissons étroitement avec ces communautés afin de développer une solution compatible avec ces organismes.
Le projet du CATI SysMics est structuré en trois workpackages informatiques :
et un workpackage transversal, WP4 - Fédération d'une communauté interdisciplinaire autour de l'intégration des systèmes vivants.
La majorité des livrables prendra la forme d'outils informatiques ou d'actions de communication (documents de référence, workshops, tutoriels et articles scientifiques le cas échéant).